全身性アトピー性皮膚炎の治療は、一般治療、薬物療法、理学療法、凍結療法などがある。
1.一般治療：まず原因をはっきりさせ、アレルゲンや刺激性のある食べ物との接触を避ける。
2.薬物療法
(1)内服薬：医師の指示に従い、ロラタジン、セチリジンなどの抗ヒスタミン薬、二次感染には抗生物質、炎症にはデキサメタゾンなどのホルモン剤、頑固な皮膚炎にはシクロスポリンなどの免疫抑制剤を使用する。
(2)外用薬：医師の指導の下、滲出液やかさぶたの洗浄にホウ酸溶液を使用し、かゆみを止めるためにカルボン酸やその他の薬剤を使用することができ、ヒドロコルチゾン酪酸クリームのような炎症反応を抑制するホルモン薬を使用することができます。
3.理学療法：専門医は通常の病院で適応を把握し、長波長紫外線や中波長紫外線を照射する光線療法などを行う。
4.凍結療法：全身性アトピー性皮膚炎による慢性湿疹、痒疹などの肥厚性病変に対しては、通常の病院で液体窒素による凍結療法を行うことができる。
全身性アトピー性皮膚炎を発症した場合は、専門医の指導のもと、適時に受診し、適切な治療を積極的に行い、不快な症状を早期に緩和することが必要である。