マイコプラズマ再発感染症は、まず効果的な抗生物質で治療し、次に免疫系の強化に注意し、最後に再感染を避けることに注意する必要がある。
まず第一に、マイコプラズマの再発性感染症は、以前の治療が標準化されていない可能性があり、薬剤耐性抗生物質の使用による治療が有効でないため、マイコプラズマの培養と薬剤感受性試験を行うのが最善であり、薬剤感受性の結果に応じて、有効な抗生物質を使用し、治療の全コースを行うことで、再発性感染症を避けることができる。
第二に、休養、規則正しい食事、適切な運動など、自分自身の免疫力を高めることに注意を払うべきである。
また、マイコプラズマが治癒した場合は、通常、風邪を避けるなどの予防に注意を払い、呼吸器の隔離に注意を払い、婦人科マイコプラズマ感染に加えて、性生活の衛生に注意を払い、会陰部を清潔に保つ。 そうすることで、マイコプラズマの再感染を避けることができます。