頭蓋大脳損傷の後遺症には、一般的に頭蓋骨欠損、外傷性てんかん、外傷後脳症候群、認知機能障害などが含まれる。さまざまな後遺症は、医師の処方に従って外科的治療、薬物治療、心理的治療を行う必要がある。
1.頭蓋欠損：治療は頭蓋骨修復手術で、3cm以上の欠損を修復する。 手術の目的は、脳組織の保護、臨床症状の緩和、審美性の回復である。 修復材料は自家材料と同種材料に分けられる。
2.外傷性てんかん：治療は抗てんかん薬に基づき、カルバマゼピンやバルプロ酸ナトリウムなどがよく用いられる。 薬剤の使用にあたっては、有効性、副作用、コンプライアンスを考慮する必要がある。 てんかんが完全にコントロールされた2年後には、医師の指導のもと、薬剤を徐々に減らしていくことができる。 薬物治療が無効で、検査でてんかん原性病巣が限局している進行てんかんに対しては、外科的治療が行われる。
3.心的外傷後脳損傷症候群：主な包括的治療は、まず患者の思想的作業をよく行い、楽観的な精神状態を維持させ、適宜、漢方薬と西洋薬の対症療法を行う。 脳外傷による心的外傷後ストレス障害に対しては、主に心理学的治療と薬物治療に頼っており、よく使われる薬物はパロキセチン、セルトラリンなどである。
4.認知機能障害：非薬物治療には認知行動訓練、コンピュータ支援訓練システム訓練などが含まれる。現在、特定の薬物はなく、アマンタジン、メチルフェニデートなどが臨床でよく使われている。
頭蓋脳損傷の後遺症がある患者については、通常の病院の関連科を受診し、専門医の指導のもとで診察・治療を受ける必要がある。