肺炎は、肺胞隔壁にリンパ球が多数浸潤し、II型肺胞上皮が増殖する間質性肺炎である。 肺胞隔壁にリンパ球が多数浸潤し、病変部ではII型肺胞上皮細胞が増殖する間質性肺炎の一種であるため、治療には副腎皮質ステロイド、例えばプレドニン、酢酸プレドニンなどが用いられる。 副腎皮質ステロイドは病状を速やかにコントロールし、呼吸不全などの出現を予防するのに役立つ。 グルココルチコイドによる治療は、再発を防ぐために通常6ヵ月以上かかる。 感染性肺炎を合併したクリプトジェニック日和見肺炎の症例では、アジスロマイシン、セフィキシムなどの抗生物質による抗感染症治療を行うこともある。 クリプトジェニック日和見肺炎の患者は、医師の定期的な治療の指導のもと、適時に医師に相談する必要があり、自己判断で勝手に薬を使用してはならない。