赤ちゃんが聴力検査に合格せず、時々怖がる場合はどうすればいいのでしょうか？

聴力検査に不合格だった場合、確定診断には至りません。
聴力検査に不合格だった場合、聴覚障害の確定診断はできませんので、小児聴覚診断センターでより詳しい検査（中耳検査、人工内耳検査など）を受けることをお勧めします。
親は赤ちゃんの聴力に注意を払う必要がありますが、特に音に反応してびっくりすることがありますので、音に対する赤ちゃんの反応に注意し、聴力検査を適時行い、聴力障害があれば積極的な治療が必要です。