肛門周囲膿瘍の病変部位は異なり.症状も若干異なるが.一般的な症状は疼痛.発熱.膿瘍.食欲不振などである。
1.疼痛：肛門周囲皮下膿瘍のように.肛門周囲に持続的な疼痛を主症状とし.坐骨直腸窩膿瘍の疼痛レベルはより強く.疼痛はしばしば人をそわそわさせ.正常な生活に影響を及ぼす。
2.発熱：肛門周囲膿瘍の多くは細菌感染によるもので.体温の上昇によって免疫系が刺激され.発熱として現れるか.悪寒.全身倦怠感などの不快感を伴う。
3.膿瘍：肛門周囲膿瘍は.局所の発赤.腫脹.熱感.痛みの膿が現れることもあり.膿瘍が破れると.破れた皮膚の肛門周囲部分から膿が流出し.膿は黄色.黄緑色.または膿の色を呈し.その多くは悪臭を放ちます。
4.食欲不振：肛門周囲膿瘍や坐骨直腸窩膿瘍は.食事量を減らすことで調整されることがあり.長期的には食欲不振や食欲不振を引き起こすことがある。
肛門周囲膿瘍が出現した場合.患者には.病状を遅らせたり感染を悪化させたりしないように.時間内に病院の肛門検査を受けて原因をはっきりさせることを勧める。