心房中隔欠損症の開心術後、他に異常がなければ退院まで1～2週間かかり、合併症があれば状態が安定してから退院となる。 開心術は比較的外傷が多く、回復に時間がかかります。 心房中隔欠損症の開心術後には、ガス塞栓症、第3度房室ブロックなどの合併症が起こる可能性がある。 したがって、術後は心機能の変化を厳密に観察し、状態が安定し、明らかな異常がなければ退院させるべきである。 なお、明らかなチアノーゼがあり、不整脈、活動耐容能の低下、喀血などを伴う場合はアイゼンメンジャー症候群と考え、心房中隔欠損症の開心術は行わない。 術後の回復を促進するためには、軽食、十分な休養、激しい運動の回避、保温、感染予防、血栓症予防のためのワーファリンなどの抗凝固薬の服用などが必要である。