ハトムギは、医師の処方に従って煎じて使用することが勧められる。
ハトムギには、気を補い陽気を高める作用（気を補うことで陽気が上昇する）、表面を固めて発汗を止める作用（筋肉の表面を固めることで発汗を止める）、利尿を促して浮腫を軽減する作用（排尿を和らげ浮腫を解消する）、血を養うために体液を生成する作用（体液や血液を補う）、気滞や麻痺を促進する作用、毒素をサポートして膿や毒を排出する作用、ただれを抑えて筋肉を生成する作用（ただれが早く治るように助け、新しい肉の成長を促進する）などがある。
ハトムギは、気虚・虚弱、緩便（細く形のない便）、気沈（脾胃の気虚で内臓が下垂したような状態）、長引く下痢や脱肛、止血や便潜血（月経過多や点滴）、表虚による発汗（体表が虚弱で、自然に汗をかくことが多いため）、気虚による浮腫、口渇・内熱（過食や過飲過尿などの症状を伴う発熱）、血の道症などに用いられます。
ハトムギは、表面に固形悪がある人、ただれ始めの人、潰瘍後の熱や毒素がまだ充満している人には適さない。
病気の治療にハトムギを使用する必要がある場合は、専門の医師の指導のもとで使用しなければならない。