大腸内視鏡検査で低悪性度上皮内新生物が示唆された場合、一般的には手術が必要となる。 低悪性度上皮内新生物は、前癌病変である大腸ポリープとして現れることが多く、高悪性度上皮内新生物や中悪性度上皮内新生物に比べ発癌率は低いが、それでも正常人に比べ癌化するリスクは高い。 低悪性度上皮内肉腫の患者は、積極的な治療を行わないとがんになる可能性があるので、積極的な治療が必要である。 一般的には大腸内視鏡による切除が望ましく、その他の治療法としては凍結療法やレーザー療法がある。 大腸内視鏡検査で低悪性度上皮肉腫様病変が示唆された患者は、治療が遅れないように、定期的に病院を受診する必要がある。 手術後も定期的な検査が必要である。