原発性てんかんの自然寛解率に関する具体的な統計はなく、2％～32％と報告されている文献もある。 一部の原発性てんかんのみが自然寛解し、ほとんどの原発性てんかんは自然寛解しない。
臨床の場では、小児の原発性てんかんのごく一部は、年齢を重ね、身体機能が強化されるにつれて、系統的な治療を行わなくても自然に回復することがある。 このようなタイプの原発性てんかんは通常軽度で、発作は一過性であることが多く、数秒から数十秒しか持続せずに消失しますが、これはまれです。
ほとんどの原発性てんかんの子どもは自力で治すことはできず、フェニトインナトリウム、カルバマゼピン、バルプロ酸ナトリウム、フェノバルビタールなどの系統的抗てんかん薬で積極的に治療しなければなりません。
また、上記の薬剤は専門医の指導の下で服用しなければならず、無許可での使用は禁止されている。