化学療法が潰瘍性大腸炎を引き起こすことはあるが、比較的まれである。 化学療法は人体の正常な細胞を損傷すると同時に、消化管の粘膜に刺激と損傷を与え、ほとんどの患者は嘔吐、酸の逆流、食欲不振、頭痛などの副作用があるが、化学療法薬の役割の一部の患者は粘膜の潰瘍がうっ血し、最終的に潰瘍性大腸炎につながるが、それは比較的まれで、発生率は比較的低い。 化学療法による潰瘍性大腸炎は、医師の指導の下、薬物療法を行う必要があり、軽症の場合は抗生物質や粘膜保護剤による治療を一定期間行い、回復・改善するのが一般的である。 比較的重篤で細菌叢障害を伴う場合は、治療に副腎皮質ステロイド薬などを使用する。 この期間中、患者は水を多めに飲み、軽い食習慣を保つ必要があり、必要であれば化学療法を中断し、体の回復を待って治療を続けることもできる。