経食道心臓超音波検査の実施にはある程度の不快感が伴うが、無痛の手技によって軽減することができる。
経食道心臓超音波検査は、超音波プローブを食道の真ん中に置き、心臓の後ろから心臓を見るというユニークな利点があり、胃カメラと同様の方法で行われる。 超音波プローブが口腔咽頭から食道に入ると、のどや食道の粘膜を刺激するため、吐き気、ドライヒーヴ、逆流などが生じ、患者に不快感や苦痛を与えることさえある。
現在、無痛経食道超音波検査技術は、被検者の不快感を大幅に軽減することができ、明らかな感覚なしに全過程を行うことができるものもある。 検査前に局所麻酔薬を使用することで、挿管時の不快感が軽減され、被検者の心理的不安も和らぐ。
経食道心臓超音波検査には一定の副作用や禁忌があり、特定の検査については医師に相談することが望ましい。