肺洗浄（大量全肺洗浄）の副作用は軽微で、発熱、喀血、軽度の肺水腫、肺無気肺などがある。 1.発熱・喀血：主に手術中の不適切な操作や手術後の感染等により、発熱・喀血を起こすことがある。 2.軽度の肺水腫：肺洗浄の全過程において、残存する洗浄液により肺に一過性の軽度の肺水腫が生じることがあるが、一般的に患者の肺機能には影響せず、呼吸困難の症状もない。 3.肺無気肺：肺洗浄中に肺胞表面活性物質（肺胞の緊張を維持する物質）が失われることがあり、患者の肺表面活性物質の合成能力が低下すると無気肺になる。 肺洗浄（大量全肺洗浄）は副作用が少ないが、異常が生じた場合は医師の診察を受ける必要がある。