軸性脊椎関節炎の治療は、症状が寛解している場合は水治療などの理学療法、急性疼痛期にはイブプロフェンなどの薬物療法、重症例には手術が行われる。
1.理学療法：症状が寛解している軸性脊椎関節炎の患者さんには、水治療と適切な脊椎体操で脊椎の可動性を改善します。
2.薬物療法：痛みを感じる軸性脊椎関節炎の患者さんは、痛みを和らげるために、医師の処方に従ってイブプロフェンなどの非ステロイド性抗炎症薬（NSAIDs）を服用することができます。 イブプロフェンには頭痛、消化不良、手足の脱力などの副作用があり、胃十二指腸潰瘍のある患者、妊娠中や授乳中の女性、NSAIDsにアレルギーのある患者には禁忌である。
3.手術：軸性脊椎関節炎の患者が重度の猫背や重度の仙腸関節炎を発症した場合は、外科的治療が必要である。
軸性脊椎関節炎と診断された場合は、できるだけ早期に医師の指導のもと標準的な治療を受け、病気の悪影響を軽減することが推奨される。