便に粘液を伴う大腸炎は、薬物療法、手術、生活習慣の改善などで治療します。
1.薬物療法：スルファサラジン、メサラジンなどの抗炎症薬を医師の処方に従って服用することで便粘液を伴う大腸炎は軽快しますが、アレルギー、腹痛、嘔吐などの副作用が出ることがあります。プレドニン、メトトレキサートなどの免疫抑制薬を服用することもできますが、骨粗鬆症、免疫不全、骨髄抑制などの副作用が出ることがあります。
2.手術：大腸炎の便粘液が薬物治療で効果がない場合、あるいは腸閉塞が不完全な場合は、腸切除吻合術などの手術を行います。
3.生活調節：大腸炎粘液便の患者は、辛いもの、刺激物、脂っこいもの、焼肉、冷たいものなどを控え、消化のよいものを食べ、定量を規則正しくし、喫煙やアルコールもやめる。
上記の薬はすべて医師の指導の下で使用する必要があり、自己治療を避ける。