ほとんどの機能性ディスペプシアは予後が良好で.良好にコントロールでき.あるいは治癒することができるが.不適切な介入により治癒しない場合もあるので.診断と治療には医師のアドバイスを適時に守ることが重要である。
器質的病変を伴わない機能性消化管疾患である機能性ディスペプシアは予後がよく.ほとんどの患者は適時に標準化された包括的治療を受けると.効果的に症状を緩和し.病気の進行をコントロールし.あるいは治癒することができる。
しかし.病気の経過が長く.基礎疾患が劣悪で.より重篤な患者もおり.治療が適時に行われなかったり.無理な治療を行ったりすると.病気が長引いたり.消化性潰瘍や胃食道逆流症などの器質的疾患を合併したりすることもあり.患者の心身の健康に長期的な悪影響を及ぼすことになる。
したがって.機能性ディスペプシアと診断された人は.良好な予後を得るために.適時に医師の指導のもと標準的な治療を受ける必要がある。 現在.一般的に行われている治療としては.一般治療（生活習慣や食習慣の確立など）と薬物治療（一般的に使用されているオメプラゾールなどの胃酸分泌抑制薬やモサプリドなどの消化管刺激薬など）があります。 副作用を避けるために.やみくもに自己判断で処分しないこと。