肛門科では、肛門から直腸までの8～12cmの領域（肛門、肛門管、直腸を含む）の疾患を対象とする。
1.肛門の一般的な疾患：痔核（内痔核、外痔核、混合痔核）、裂肛、痔瘻、肛門周囲膿瘍、直腸脱、直腸ポリープ、蓄膿症などの疾患。 これらの疾患のほとんどは、薬物療法と手術が併用され、生活習慣の改善が必要である。
2.肛門と大腸の悪性腫瘍：結腸癌、直腸癌、肛門管癌など。 これらの疾患は通常、外科的完全切除が必要であり、必要であれば放射線治療を併用する。 一般的に使用される化学療法薬には、フラヌウラシル、シスプラチンなどがある。
3.便秘：出口閉塞型便秘、性流出性便秘、混合性便秘など。 便秘の治療は保存療法が基本である。
4.肛門周囲湿疹、肛門周囲疣贅などの肛門周囲皮膚疾患、一部の病院や患者は肛門科でも治療を行っている。