乳糖不耐症の臨床症状には、腹部膨満、腸音亢進、腹痛、下痢、吐き気および嘔吐が含まれる。
1.腹部膨満感：乳糖が体内で消化・分解されないため、乳糖が大量に蓄積し、胃内圧が上昇して腹部膨満感が生じる。
2.腸音の亢進：乳糖が消化・分解されないため、腸の蠕動運動が活発になり、腸音が亢進する。
3.腹痛：消化吸収できない乳糖が腸壁の異常蠕動を刺激し、疝痛を起こす。
4.下痢：乳糖不耐症は乳糖分解酵素（ラクターゼ）の不足が原因で、腸内で乳糖の濃度が高まり、腸の浸透圧に影響を与え、腸を刺激して下痢を起こす。 その便はほとんどが卵のしずく状の黄色い緩い便である。
5.吐き気と嘔吐：乳糖は消化吸収されず、胃腸の異常な蠕動運動を刺激し、吐き気と嘔吐の臨床症状を誘発する。
乳糖不耐症の患者は、上記の臨床症状が現れた場合、速やかに医師の診察を受けるよう勧められる。