喉頭蓋嚢胞の手術は三次手術であり、小手術とは言えないが、現在では喉頭蓋嚢胞の多くは喉頭鏡下摘出術や摘出術が行われており、技術的難易度の低い低侵襲手術である。 喉頭鏡を口腔咽頭から挿入して嚢胞を完全に露出させ、低温プラズマ、超音波ナイフ、高周波ナイフ、レーザーなどの補助器具を使用して腫瘤を完全に切除するか、腫瘤表面の大部分を露出させて腫瘤を摘出する目的を達成する。 この手術は時間がかかり、制御可能で、周辺組織への副次的損傷が少なく、手術中の止血が完全で、術後の創部の回復が早い。 摘出された嚢胞組織は、術後に病理学的に検査され、病変の性質が決定される。