人工肛門縮小術では、術野の消毒、開腹、腸管と腹壁の剥離、腸管に付着している皮下筋や筋膜組織の切除、腸管の吻合、閉腹がルーチンの手順となる。
手術部位の術前消毒が必要であるが、人工肛門縮小術では、瘻孔の存在が創部の汚染の原因となるため、創部の周囲から創部の中心に向かって消毒を行う必要があり、創部の汚染を避けるために瘻孔をヨード蒸気ガーゼで覆う必要がある。
腹腔内には主に腹部正中切開から入り、ストーマの縁を杭状に切開してストーマを腹腔内に戻し、通常はストーマを中心とした杭状切開を選択し、皮膚、皮下組織、軟部組織を順に切開する。
腹膜を切開した後、腸管を遊離させ、ストーマ腸管と腹壁を分離する。腸管と腹壁の癒着は、腸管が破裂して腸内容物が腹腔内に侵入し、腹腔内感染の原因となるのを防ぐため、慎重に分離する必要がある。 腸管を引き上げ、腸管に付着している皮膚と皮下組織を慎重に切除する。
遊離後、遠位腸管を近位腸管と吻合するが、これには閉鎖吻合、吻合、吸収性縫合糸による手縫いがあり、大腸吻合は手縫い後の腸内容物の漏出を避けるため、通常は吻合で行う。
最後に灌流を行い、必要なドレーンを留置し、腹部を閉鎖する。