慢性腎盂腎炎の初期症状というものはなく、腰背部の漠然とした痛み、間欠的な頻尿、微熱がみられる程度である。 慢性腎盂腎炎はより複雑で、全身および局所の尿症状は非典型的であり、時には無症候性細菌尿のみが現れることもある。 半数以上の患者は急性腎盂腎炎の既往があり、その後微熱、間欠性頻尿、排尿不快感、腰部痛、夜間頻尿、低顆粒腎症などの腎尿細管機能障害がみられる。 慢性腎不全に移行することもある。 急性腎盂腎炎と同様、急性発作時に患者の症状は明らかである。 慢性腎盂腎炎の患者は、通常の病院を受診し、医師の指導のもと標準的な治療を受けることが勧められる。