嚥下リハビリの経過は、原疾患の種類と重症度に関係する。 軽度の末梢神経損傷では2週間以内に回復することもありますが、重度の中枢神経障害では完全に回復するまでに6ヶ月、あるいは一生かかることもあります。 末梢神経損傷：ギラン・バレー症候群などの末梢神経損傷による嚥下障害は、病変が軽度であれば、標準化された治療により、リハビリテーション訓練で早期回復が可能であり、2週間程度でリハビリテーションの目標を達成し、自立した食事を完遂できる患者もいる。 病態が重篤であれば、リハビリ訓練期間は長期化し、3～6ヶ月の訓練が必要な患者もおり、少数の患者は常に自立して食事を終えることが難しく、胃ろうや胃瘻の治療が必要となる。 中枢神経損傷：脳卒中、脳腫瘍などの中枢神経損傷による嚥下障害は通常、末梢神経損傷よりも回復に時間がかかり、ほとんどの患者は3～6ヶ月の訓練が必要で、通常、一部の患者は自立した食事ができない。 嚥下障害のある患者は、治療や訓練に遅れが生じないよう、リハビリテーション医の指導のもと、適切な時期に医師に相談する必要がある。