腫瘍分類の具体的な名称.腫瘍の大きさ.各マージンのきれいさ.リンパ節転移の位置と数.血管リンパ管などの組織への浸潤の有無のほか.予後を示す重要な免疫指標があり.これを分析することで治療の指針や予後の推定を行うことができます。
ER：エストロゲン受容体.陽性は陰性より予後が良いことを示し.プラス記号が多いほど良い。
PR：プロゲステロン受容体.陽性は陰性より予後が良いことを示す。
ERとPRは正常な乳房上皮細胞に存在する。細胞が癌化すると.ERとPRの一部または全部が欠落する。 ERやPRが存在する場合.乳がん細胞の成長・増殖は依然として内分泌の制御を受けており.ホルモン依存性乳がんと呼ばれる。ERやPRが存在しない場合.乳がん細胞の成長・増殖は内分泌の制御を受けず.非ホルモン依存性乳がんと呼ばれる。 両方が陽性でも.片方が陽性で片方が陰性でも予後はよく.エストロゲン陽性はプロゲステロン陽性よりよい。 どちらも予後が悪い。 陽性例には.術後または術前の内分泌療法を行うことができます。
Her-2 (CerbB-2): Human epidermal growth factor receptor 2.癌原遺伝子。 その過剰発現.すなわちプラス記号の存在は.患者の予後が悪いことを示す。 また.腋窩リンパ節転移を起こしやすく.この2つのホルモン受容体が欠損している可能性も示唆されています。 その発現は.乳がんの悪性度.リンパ節転移.臨床病期と正の相関があり.発現率が高いほど予後が悪いとされています。しかし.Fishテストでプラス記号が2つ以上あるものは.生物学的標的治療の可能性がある。 つまり.トラスツズマブ（ハーセプチン）の使用です。
この3人はいずれも陰性で.現在では医学的に「トリプルネガティブ」と呼ばれる.比較的予後が悪く薬物治療ができない乳がんです。
E-カドヘリン：E-カドヘリンは.カルシウム接着タンパク質ファミリーの膜貫通タンパク質アイソフォームの一つで.アドヘレンスジャンクションに集中し.上皮の完全性.極性.形態および組織学的な維持に重要な役割を担っています。 その高い発現量は予後良好であることを示しています。
Ki-67指数：細胞増殖に反応する増殖抗原で.その発現は乳がんの発生や進行と関連し.予後不良因子とされています。 数値が高いほど予後が悪い。
P53：腫瘍抑制遺伝子の一つで.その変異は予後不良を示す。P53変異の多い乳がん細胞は.高増殖性.低分化.悪性度が高く.侵襲性が高く.リンパ節転移の割合が高い。
CK5/6：組織学的悪性度や腫瘍のステージが高いほど発現率が高く.全体的に予後が良好なサイトケラチンタンパク。
EGFR：Epidermal growth factor receptorの略で.組織学的悪性度と腫瘍の病期が高いほど発現率が高く.全体として予後が良好であることを示す。
VEGF: Vascular Endothelial Growth Factorの略で.高発現は予後不良を示す。
TOP-II: DNAトポイソメラーゼII.高発現は腫瘍の増殖性.悪性度が高いことを示す。
PCNA: 増殖細胞核抗原.予後不良で陽性。
P170：過剰発現が治療に不利となる多剤耐性遺伝子。
nm23：悪性腫瘍の転移に関連する遺伝子。 遺伝子発現レベルの低下は.乳がんのリンパ節転移の高リスク因子である。
Her-1：前項のHer-2と同様.陽性度が低い。
DNAの倍数性：異数性による腫瘍形成の予測。
CD44V6：高発現により予後不良を示唆するタンパク質。
Ck14.Ck17.CK7：先のCk5/6と同様の参照規格を持つ。
Bcl-2：アポトーシス抑制遺伝子であり.その陽性発現は腫瘍の悪性度が高く.リンパ節転移が少ないことを示唆する。
PS2：PS2はERアッセイよりも内分泌療法への反応性を予測する上で有用であり.PS2発現は乳癌における内分泌療法への反応性の最も良い指標となる。
P63：P63遺伝子自体ががん遺伝子であり.P63は乳がんの発生・進展に重要な役割を果たす。検査により.乳がんの早期診断.適時治療.予後判定に必要な理論的根拠を提供できる。
カルポニン：乳房の正常群.過形成群.異型過形成群において.ほぼすべての筋上皮細胞がP63.α-SMA.カルポニンを発現し.すべての腺上皮細胞が3抗体とも陰性であり.浸潤癌.in situ癌.異型過形成の判定に有用である。
SMA（平滑筋アクチン）：平滑筋アクチンは.信頼性の高いマーカー抗体です。 正常な乳房組織.良性病変からin situがん.早期浸潤がん.浸潤がんと徐々に進行して消えていく。
Cyclin D1：CyclinD1の高発現は.ヒト乳癌の発生と進行に重要な役割を果たすと考えられている。 乳がんにおける高発現の臨床的意義は.Cyclin D1の発現が腫瘍の大きさ.TNMステージ.腋窩リンパ節転移と相関していることである。
COX-2（シクロオキシゲナーゼ-2）：乳がん組織に発現しており.患者の予後の臨床評価や術後再発のリスクの高い患者を特定するための有用な指標となる可能性があります。
34βE12：サイトケラチンの一種で.その発現は乳癌における腫瘍の悪性度を示す生物学的指標と相関している。 乳癌組織における34βE12の陰性発現は予後不良を示し.乳癌の悪性度および予後判定に用いることができる。
P120膜：乳がん組織で異常発現し.E-カドヘリン発現と相関しており.乳がんの発生・進展に重要な役割を果たすと考えられる。P120膜は浸潤性小葉がんの発生・進展とより密接に関連している。