牛黄上清丸は血液を活性化する成分があるが、主な作用は清熱解表、散風解痛である。
成分のうち、当帰、当帰芍薬散、川芎は血液循環を活発にする作用があるが、牛黄上清丸は寒涼薬が多いので、主に清熱下痢作用がある。
牛黄上清丸は頭痛やめまい、のどの痛み、口や舌の痛み、歯茎の腫れや痛み、目の充血や耳鳴り、内熱や毒気、風や火の上からの攻撃による便の乾燥などに適応する。 牛黄上清丸の治療中、便の数が増えて、形の良くない患者がいたら、薬の量を適宜減らす。
牛黄上清丸は下痢に強いので、妊婦には注意して使用する。 また、高齢者、虚弱者、脾弱者、緩便（便が細く、形が整っていない）、小児、授乳婦には医師の指導のもとに使用する。
患者は体調が悪いと感じたら、すぐに普通の漢方薬局を受診し、症状を見極めて適切な治療薬を選択できる専門の漢方医の治療を受けることをお勧めします。 効き目のない治療や病気の進行を遅らせるために、自己判断で牛黄上清丸を使用しないでください。