アスルフィジンの副作用は、神経系、肝機能、腎機能、消化管、血液系に現れることがある。
1.神経系の異常：めまいが比較的よくみられ、頭痛、眠気、傾眠、記憶障害などの副作用が現れることがある。
2.肝機能障害：アラニンアミノトランスフェラーゼ、γ-グルタミルトランスフェラーゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ等の肝機能に関連する生化学的指標の上昇。
3.腎機能障害：血中尿酸、ナトリウムの上昇、血中リン、カリウムの低下、カルシウムイオンの減少、尿蛋白の検出、蛋白尿、夜間頻尿などの症状がみられることがある。
4.消化器系の異常：悪心、嘔吐、下痢、腹部膨満感、腹部不快感、腹痛、排便回数増加、消化不良等の副作用。
5.血液学的異常：白血球数減少、好中球数減少、血小板数減少などの副作用。
アスルフィジンは副作用が多いので、必ず専門医の指導のもとで使用し、違和感があればすぐに病院に行く。 アスルフィジンは、アスルフィジンまたは製剤中の他の成分にアレルギーのある人には禁忌であることに注意すべきである。