全体として.根治的前立腺摘除術に比べ.前立腺がんに対する放射性粒子植え込み術は合併症が少なく.術後の尿失禁.排尿困難.性機能障害が起こる可能性は低いが.放射線治療に起因する特有の合併症もあり.それらは短期合併症と長期合併症に分類される。 短期合併症（1年以内に起こるもの）は.主に放射線治療による周辺組織へのダメージが直接原因となるもので.頻尿.尿意切迫感.痛みなどの尿路刺激症状.排尿困難.夜間頻尿の増加.排便回数の増加.尿意切迫感や重だるさなどの直腸刺激症状.直腸炎などがある。 ブラキセラピーによる二次的な軽度の直腸症状は通常.自己限定的である。 術後の少量の出血の発生率は1-4％で.重篤な直腸合併症（直腸切開を要する）の発生率は0-1％程度である。 直腸合併症の発生率は.直腸への照射線量と高線量を受ける直腸の長さに関連している。 もう一つのまれな合併症は勃起不全であり.神経血管束への放射線量はブラキセラピー後の勃起不全と関連している。 いくつかの研究では.79％の患者がブラキセラピー後も性機能を維持し.50％の患者がブラキセラピー6年後も完全な性機能を維持していると報告している。 術後勃起不全の患者はクエン酸シルデナフィルで治療できる。 長期合併症（1年以上経過後）には.主に慢性尿閉.尿道狭窄.尿失禁などがあるが.全体的な発生率は低い。