プロバイオティクスは主に腸内フローラを調整するために使用されるが、プロバイオティクスの長期摂取は腸内フローラ障害、プロバイオティクス依存症、栄養失調などの消化器系疾患を引き起こす可能性がある。
1.腸内フローラ障害：プロバイオティクスは活性菌であるため、長期使用により腸管内の活性菌が徐々に増加し、プロバイオティクスの比率バランスが崩れ、胃腸機能に異常をきたす。
2.プロバイオティクスへの依存：プロバイオティクスは腸内細菌叢に一定の調整作用を持つが、プロバイオティクスの長期使用により、腸内細菌叢は自らの調整作用を失い、長期的にプロバイオティクスに依存することになる。
3.栄養失調：プロバイオティクスは消化管運動を促進し、消化管内容物の排泄を促進し、消化管栄養素の吸収を低下させる。