目に入った蚊取り線香は洗い流し、抗感染剤と修復剤で治療する必要がある。
蚊取り線香には主に脂溶性のピレスロイド化合物が含まれており、目の角膜は水溶性と脂溶性の二重性を持っているため、蚊取り線香の有害物質が角膜から目に入る可能性がある。この時、すぐに上下のまぶたを指で離し、生理食塩水または水で目頭から目尻まで洗い流し、同時に眼球を常に回転させる。
蚊取り線香が目に入った後、さらに深刻な痛み、充血、腫れ、流涙が生じた場合は、眼科検査を行い、目の角膜や結膜の損傷を明らかにし、抗感染薬（レボフロキサシン点眼薬など）や損傷の修復を促進する薬（遺伝子組換えウシアルカリ線維芽細胞増殖因子点眼薬）を点眼して治療します。
蚊取り線香が目に入った場合は、速やかに医師の診察を受け、医師の指導のもと標準的な治療を行うことが推奨される。