牛乳の加熱は、温度や加熱時間にもよるが、必ずしも栄養素が破壊されるわけではなく、長時間の加熱や高温の加熱は栄養素を破壊する。 理想的なのは、牛乳を約60℃の水温で5分程度加熱する方法である。 このような加熱条件であれば、栄養の損傷の程度は最小限に抑えられる。 また、牛乳を加熱する際は、水を張った状態で行うのがベストである。 牛乳を60℃以上の温度で長時間加熱したり煮沸したりすると、栄養の破壊がより顕著になる。 高温での加熱や煮沸は牛乳中のカルシウムイオンを不溶性の塩に変えてしまうし、ビタミンB群など他の栄養素も高温によって破壊され、人間の摂取には好ましくない。 加熱時間が長くなればなるほど、栄養素の破壊は深刻になる。