両側脳幹基底核領域の多発性ラクナ脳梗塞は、主に一般治療、血栓溶解療法、アスピリンなどの抗血小板療法、シタラビンなどの神経保護療法が行われる。
1.一般治療：ラクナ脳梗塞は気道を確保し、血圧と血糖を積極的にコントロールする必要があり、マンニトール、フロセミドなどの利尿薬を使用することができる。 嚥下障害が生じた場合は、誤嚥性肺炎を予防するために経鼻栄養チューブを使用して栄養経路を確立する必要がある。 同時に、二次感染による発熱がある場合は、セフトリアキソンなどの抗炎症薬による対症療法を行う。
2.血栓溶解療法：これは両側脳幹基底核の多発ラクナ脳梗塞に対する最も重要な治療法であり、ストレプトキナーゼを使用することができる。 現時点では、できれば6時間以内に血栓溶解療法を行うことが望ましいと考えられている。
3.抗血小板療法：抗血小板療法にはアスピリン、クロピドグレルなどが用いられる。
4.抗凝固療法：低分子ヘパリンやワルファリンを適切に使用し、凝固状況を注意深く観察する。 現在のところ、急性梗塞に対して直ちに抗凝固療法を行うことは推奨されておらず、血栓溶解療法後24時間以内には抗凝固療法を行わないのが一般的である。
5.神経保護療法：シタラビンやその他の神経保護細胞を使用することができ、一定の治療的役割を果たすことができる。
両側脳幹基底核領域の多発性ラクナ脳梗塞は、発生部位が繊細であるため、最良の予後を得るためには、綿密な観察と医師との積極的な治療・投薬協力が必要である。