通常、経皮的中隔心筋焼灼術と呼ばれる中隔アブレーションは、肥大型心筋症の重要な治療法である。
経皮的中隔アブレーションは、肥大中隔に栄養を供給している中隔血管にカテーテルを通して無水エタノールを注入し、中隔血管を閉塞させ、肥大中隔の虚血、壊死、菲薄化を引き起こし、その結果、中隔の心筋収縮が失われるか、中隔の心筋収縮能が低下し、その結果、心室流出路が拡大し、閉塞が緩和され、患者の臨床症状が改善する。
患者が重度の僧帽弁疾患を有している場合は経皮的中隔心筋焼灼術は施行できず、若年者や高齢者では注意が必要である。 術後は血行動態に注意し、ワイヤーの脱落を防ぐ必要がある。 特定の治療レジメンが推奨される。