肺肉芽腫の多くは感染症が原因であり、臨床では通常、薬物治療（抗結核治療、抗真菌治療、免疫抑制治療など）と外科治療が採用される。
1.薬物療法：結核感染による結核性肉芽腫は、通常、全身性の抗結核療法（例えば、リファンピシン、イソニアジドの経口投与など）が行われる。
非壊死性肉芽腫、すなわち肺結節性疾患を形成する自己免疫疾患は、主にグルココルチコイド（メチルプレドニゾロンなど）および免疫抑制療法（シクロホスファミド、メトトレキサートなど）で治療される。
また、真菌やその他の細菌感染によって形成される肺肉芽腫もあり、セファロスポリン療法（セフタジジムなど）や抗真菌療法（フルコナゾールなど）で治療できる。
2.外科的治療：大きな結核性肉芽腫、異物（通常、異物を中心とし、リンパ球、マクロファージ、上皮細胞、線維芽細胞で取り囲まれている）によって形成された肉芽腫など、薬物療法で緩和できないものは外科的治療が必要である。
肺肉芽腫を発見したら、できるだけ早期に病院を受診して対症療法を行い、病状の悪化を防ぐことが大切です。