通常、低侵襲椎間板鏡手術の欠点には、術後の再発のしやすさ、神経根損傷のしやすさなどがある。 低侵襲椎間板鏡手術は、通常、小さな手術口と限られた露出を伴う低侵襲手術である。 そのため、椎間板ヘルニアの摘出が不完全になり、病変の一部が残るため、術後再発しやすい。 椎間板の髄核が神経根を長時間かつ広範囲に圧迫すると、神経根同士の癒着がより深刻になる。 低侵襲椎間板鏡手術では癒着の正確な位置を特定できない可能性があり、癒着部で神経根を損傷し、それに対応する合併症を引き起こす可能性がある。 欠点はあるものの、低侵襲椎間板鏡手術は侵襲が少なく、回復が早く、開腹手術に耐性のない患者に適している。 患者は適切な手術法を選択する前に、自分の状態を評価するために医師の指示に従うことを勧められる。