ピロリ菌に対する薬物療法の必要性は、感染の重症度というよりも、病気に関係しています。 耐性因子（高齢など）のないピロリ菌陽性者には除菌療法が推奨される。 消化性潰瘍、胃粘膜関連リンパ組織リンパ腫、消化不良症状を伴う慢性胃炎、胃粘膜萎縮を伴う慢性胃炎、びらん、胃がんの家族歴、プロトンポンプ阻害薬の長期使用、非ステロイド性抗炎症薬の長期使用がある場合には、除菌療法が強く推奨される。 現在推奨されている除菌レジメンは、2種類の抗生物質、プロトンポンプ阻害薬、ビスマス剤からなる4剤併用療法である。 よく使用される薬剤は、アモキシシリン、クラリスロマイシン、オメプラゾール、ラベプラゾール、クエン酸ビスマスカリウムなどである。 4剤併用療法の一般的な副作用には、膨満感、腹痛、便秘、食欲不振のほか、ビスマスが含まれているために舌が黒くなったり、便が黒くなったりすることがある。 ヘリコバクター・ピロリ菌が陽性であれば、専門医の指導のもとで抗ヘリコバクター・ピロリ菌治療を受け、病院に行くことを勧められるが、治療を受けなければ軽度の感染症に過ぎないからと行ってはならない。