大腸内視鏡検査にかかる時間は、検査の種類や腸の状態に関係し、通常15分から30分程度です。
大腸内視鏡検査には一般的に無痛大腸内視鏡検査と全身大腸内視鏡検査がある。
無痛大腸内視鏡検査は、静脈麻酔下で行うため、患者は静かで不安感がなく、「眠っている」状態になり、恐怖感や不快感がなくなるため、内視鏡検査や治療操作がスムーズになり、所要時間も比較的短く、腸の状態が良い人であれば15分程度で終了します。
通常の大腸内視鏡検査は、すなわち麻酔薬を使用せず、大腸内視鏡の覚醒状態で検査を終了します。 検査中、患者は腹部膨満感や腹痛などの不快感を感じることがありますが、患者の耐性が良好で検査がスムーズに進めば、一般的に15分から20分程度で終了しますが、患者の耐性が悪い場合は、対応する検査時間が長くなることがあります。
また、大腸内視鏡検査でポリープや潰瘍、腫瘍が見つかり、病理検査のために生検が必要な場合は、所要時間が長くなり、通常30分程度かかります。