抗菌薬治療は肝膿瘍穿刺後も継続する必要があり、静脈内投与が可能である。 抗菌薬は膿の細菌培養と薬剤感受性試験に基づいて決定できる。 3cm以上の細菌性肝膿瘍では、通常、膿瘍巣の液化後に穿刺・ドレナージが必要である。 また、肝膿瘍、特に細菌性肝膿瘍では、抗菌薬治療は必須の治療手段である。 細菌培養と薬剤感受性試験の結果が出る前に、経験的に薬剤を使用することができ、一般的に使用される薬剤はメトロニダゾール、アンピシリン、セフォペラゾンなどの抗生物質である。 薬剤感受性検査の結果が出たら、その結果に応じて薬を調整するので、抗炎症薬を点滴する必要がある。 上記の薬剤は臨床医の指導のもとに使用する必要があり、無許可での使用は禁止されている。