肝性脳症の発症におけるアンモニアの役割は、アンモニアが脳に侵入し、代謝障害を起こして脳細胞を妨害し、肝性脳症を形成することである。 アンモニアによる肝性脳症の素因には、消化管出血、電解質および酸塩基平衡の障害、過度の利尿などがある。 肝硬変の場合、門脈圧亢進を誘発する消化管出血によって胃底静脈瘤が破裂・出血し、その血液が腸に流れてアンモニアに分解され、肝性脳症を引き起こす。 電解質異常や酸塩基平衡異常は、低カリウム、低ナトリウム、アルカローシスで現れ、アンモニアの産生を促進し、肝性脳症を誘発します。 過剰な利尿は、体内のタンパク質の過剰な喪失を引き起こし、これも電解質異常の原因となるため、肝性脳症の発症の引き金となる。