抗アレルギー薬の長期使用は、眠気、口渇、緑内障、肝障害、腎障害などの副作用を引き起こす可能性がある。 眠気：眠気は抗アレルギー薬の最も一般的な副作用であり、特にクロルフェニラミンやシプロヘプタジンなどの第一世代抗ヒスタミン薬は血液脳関門を通過することができ、睡眠サイクルに大きな影響を与える。 ロラタジンやセチリジンに代表される第二世代の抗ヒスタミン薬は、比較的影響が小さい。 口渇：ベナドリルやケトチフェンにもよくみられる。 緑内障：ドキセピンなどの第一世代抗ヒスタミン薬でよくみられる。 肝障害および腎障害：起こりにくく、長期間（1ヵ月以上）使用する場合は定期的にモニターすることができる。 まとめると、抗アレルギー薬の副作用は比較的少なく、発生率が高いのは眠気、口渇などの一般的な副作用で、肝機能や腎機能障害は発生しにくいが、それでも用心深く、定期的なモニタリングが必要である。