小児腸閉塞は、先天性腸奇形、消化管蠕動障害、腸腫瘍によって引き起こされることがある。
1.先天性腸管奇形：小児腸閉塞は先天性腸管奇形が原因である可能性が高く、例えば、先天性腸管癒着、腸管癒着が原因で腸管スペースが不足し、腸内物質が円滑に排出されないため、腸閉塞になる；また、出生時の腸管内腔の発育不足が原因で腸管内腔が狭くなり、腸内容物が正常に通過できないため、腸閉塞になる。
2.胃腸蠕動障害：乳幼児は便秘や消化不良などの胃腸蠕動障害がある。 食物の残渣が腸内に溜まり、スムーズに排出されないため、胃腸の蠕動運動が悪くなり、最終的に腸閉塞を形成する。
3.腸腫瘍：赤ちゃんの体内に腸腫瘍がある場合、腫瘍の治療が適時に行われないため、腫瘍がどんどん大きくなり、腫瘍があるレベルに達すると、腸内容物を正常に排出できなくなり、腸閉塞を形成する。
腸閉塞になった乳幼児は、できるだけ早く病院に行って原因を突き止め、医師の指示に従って治療を行うべきであり、病気の進行を遅らせることは勧められない。