膵瘻の治療には通常約3ヶ月かかる。
膵瘻治療の原則の第一段階は、膵分泌を抑制することで、体外栄養補給、膵酵素活性の抑制、成長抑制剤などの薬剤の使用などがある。 第2段階は膵瘻のドレナージで、各種経皮的チューブによるドレナージ、手術によるドレナージや経内視鏡的ドレナージ、必要に応じて副鼻腔管の外科的切除や副鼻腔移植術などを行う。
膵瘻の多くは慢性膵炎や膵がんなどの慢性疾患によるもので、膵液の腐食性が強いため、通常、発見後すぐに手術を行うことは難しく、患者が適応してきちんと回復できるように、ゆっくりではあるが比較的安全な治療が必要で、その期間は通常3ヶ月程度かかる。