現在、口内炎の原因は複雑で完全には解明されておらず、外傷、精神的要因、口腔局所感染、全身疾患、ビタミン欠乏症などが関係している可能性がある。
1.外傷：口腔内潰瘍が頻発している場合、口腔内に潰瘍を引き起こすような刺激因子、例えば悪い修復物、鋭利な歯の先端、きれいに生えていない歯、不適当な義歯を装着していないかなどを考慮する必要がある。
2.精神的要因：長期的な抑うつ、不安、イライラ、不眠症などを持つ患者の中には、口内炎を再発することがある。
3.口腔内の局所感染：例えば、患者の顎口腔系全体の衛生状態が非常に悪い場合、口腔内に局所的な炎症を引き起こすことがある。 例えば、う蝕、歯根膜周囲炎、歯内病、それに関連する歯肉炎、歯周炎などがある場合、炎症因子の刺激により、口内炎が再発しやすくなる。
4.全身性疾患：内分泌系、胃腸系、全身の全身性疾患が原因で口内炎ができることがあります。
5.ビタミン欠乏症：果物や葉物野菜など、ビタミンが豊富な食品を好んで食べなかったり、めったに食べなかったりすると、ビタミンB2、B12、ビタミンCが欠乏しやすくなり、口内炎が発生しやすくなります。
口内炎が頻繁にできるのは、個人の体調が関係していることが多いので、口腔衛生に注意し、局所的な刺激を避ける必要がある。 新鮮な果物や野菜を多く食べる。