胃内視鏡検査は一般的に無害であるが、患者の胃粘膜の過敏性や操作上の問題により、胃部不快感や胃粘膜剥離を起こすものも少なくない。 無痛胃内視鏡検査では、麻酔による呼吸抑制、アレルギーなどの副反応が起こることがある。
1.胃腸の不快感：胃内視鏡が患者の体内に入った後、胃腸管の反応、吐き気、嘔吐などの不快感を刺激することがある。
2.胃粘膜剥離：胃内視鏡検査を行う際、消化管粘膜を損傷し、患者の胃粘膜が剥離することがある。
3.呼吸抑制とアレルギー反応：苦痛の少ない胃内視鏡検査では、事前に麻酔処置が必要である。 患者によっては麻酔薬の使用により呼吸抑制やアレルギー反応を起こすことがある。
胃内視鏡検査は患者の状態をさらに明確にすることができる。 胃腸内視鏡検査の結果が異常であったとしても、適時に医師の診察を受けて、病気の原因をはっきりさせ、的を絞った治療や処置を行えば、あまり心配する必要はありません。