薬で治療できる表層う蝕を除けば、大部分は修復と充填による治療が必要である。
う蝕は主に臼歯の咀嚼面に発生し、初期の損傷は通常象牙質の外層にあり、治療が間に合わなければ、徐々に歯髄に達し、歯槽膿漏などの合併症を引き起こす可能性がある。 う蝕治療の目的は、う蝕の進行を防ぎ、歯本来の形態と機能を回復することである。
まだむし歯になっていない少数の浅いむし歯（エナメル質に限る）の永久歯に対しては、フッ化ナトリウムと硝酸銀を投与してむし歯の発生を抑制し、大部分は歯の形態と機能を回復するために、歯の欠損の程度と量に応じて充填（アマルガム充填、コンポジットレジン充填、酸エッチング感光性コンポジットレジン充填）、インレーまたはクラウンを行う必要がある。
う蝕が発生した後、歯科医の指導の下、治療や歯の保護をしなければならない。