腎盂腎炎は自然治癒することはなく、適時の治療が必要である。
急性腎盂腎炎の臨床症状は感染の程度に関係し、通常、頻尿、尿意切迫感、排尿痛、発熱、悪寒、頭痛、腰痛などを主症状として急激に始まります。
慢性腎盂腎炎では、無症候性細菌尿がみられるだけで、半数以上の患者に急性腎盂腎炎の既往があり、その後、微熱、間欠的な頻尿、排尿痛、腰部痛、腎尿細管機能障害（夜間頻尿、腎尿細管機能低下）などのさまざまな症状が現れます。 持続すると慢性腎不全に移行する。 急性腎盂腎炎の発作時には、急性腎盂腎炎と同様の症状が現れます。
急性腎盂腎炎の原因菌の80％は大腸菌であり、尿細菌学的検体を採取したら直ちに治療を開始し、グラム陰性桿菌に有効な薬剤を優先する。効果が明らかな72時間以内であれば変更する必要はなく、そうでなければ薬剤感受性の結果に応じて抗生物質を変更する。
慢性腎盂腎炎の治療のポイントは、感受性因子を積極的に検索し、除去することである。 急性増悪時の治療は急性腎盂腎炎と同様である。
腎盂腎炎に罹患した患者は、時間内に病院を受診し、専門医の指導のもと標準的な治療を受ける必要がある。