大腸炎は急性大腸炎と慢性大腸炎に分けられ、早期治療には食事調整などの一般治療とシプロフロキサシン、ビフィズス菌、メサラジンなどの薬物療法がある。
1.急性大腸炎：急性活動期には十分な安静と水分または半流動食をとり、改善後は栄養価が高く、消化のよい低脂肪食をとる。 メサラジン、プレドニン、ヒドロコルチゾンなどがよく使われる。 水分と電解質のバランス障害を改善し、重症の場合は絶食と点滴で補う。
2.慢性大腸炎：一般的に使用される薬剤は、感染を抑えるシプロフロキサシン、下痢を止め腸の蠕動運動を抑えるモンテルカスト、痙攣性腹痛を抑えるアトロピン、腸内細菌異常を改善するビフィズス菌などである。
早期に大腸炎と診断された場合は、早期の標準化治療で副作用を軽減することが推奨される。 上記の薬剤は医師の指導のもとに使用する必要がある。