原則的に小腸移植は.全非経口栄養（TPN）で生命を維持できない場合や生命を脅かす合併症が発生した場合.不可逆的な腸管不全で考慮されるべきである。 レシピエントの基礎疾患の違いにより.小腸移植は単純小腸移植.肝小腸移植.多臓器移植の3つの手術に分けられる。 単純小腸移植：(1)短腸症候群：壊死性小腸炎.小腸閉鎖症.中腸捻転.腹裂.腹部醜形.クローン病.腸間膜血管塞栓症または血栓症.(2)小腸動態不全：海綿状臓器のミオパチーまたはニューロパチー.小腸全体の神経節欠如.(3)小腸細胞の吸収能力障害：微絨毛性封入体症.選択的自己免疫性腸症.放射線腸炎および (4)消化管腫瘍：ガードナー症候群.腸間膜硬化線維腫.小腸ポリポーシス。 肝-小腸複合移植：(1)不可逆的な肝不全を合併した不可逆的な腸不全の場合。 肝不全は.小腸不全患者における長期の全身非経口栄養（TPN）に続発することが多い。 (2)門脈血栓症や上腸間膜静脈血栓症を合併した肝不全例では.肝-小腸複合移植も適応となる。 *肝機能が正常で脾静脈が開存し.上腸間膜静脈に広範な血栓がある高凝固性患者には.小腸単独移植が直ちに可能であるが.術後は生涯にわたる経口抗凝固薬が必要である。 多臓器併用移植：複数の腹部臓器（小腸を含む）が不全であるか.複数の腹部臓器に腫瘍が浸潤している場合は.多臓器併用移植が必要となる。 完全多臓器移植は肝臓.胃.十二指腸.膵臓.小腸全部のブロック移植で.修正多臓器移植は肝臓以外の臓器のブロック移植である。