虹彩萎縮は一般に手術による修復が困難である。
現在のところ、虹彩萎縮に対する有効な治療法は見つかっておらず、虹彩炎や緑内障などの虹彩萎縮の原因となる原疾患を治療し、虹彩萎縮の持続的な悪化を防ぐ必要がある。 軽度の虹彩萎縮は患者への影響が少なく、しばしば発見が困難であり、一般に治療の必要はない。
中等度および重度の虹彩萎縮は、羞明や複視などの不快感を引き起こすことがあり、萎縮した虹彩を修復する治療法は見つかっていない。 患者に著しい不快感がある場合は、人工虹彩を手術で埋め込むことで不快感を和らげることができる。
虹彩の萎縮が著しい患者は、速やかに医療機関を受診して状態を把握し、医師の指示に従って治療を受けることをお勧めします。