卵円孔開存症は必ずしも手術が必要なわけではなく、病態に応じて、臨床観察、薬物療法、手術療法、その他の治療が行われる。
1.臨床観察：主に心肺機能に異常がなく、心臓に器質的損傷がない症例に適用され、より一般的で、通常は薬物療法や外科的介入を必要とせず、臨床観察と心臓超音波検査などの定期的な経過観察検査のみを行うことができる。
2.薬物治療
(1)抗血小板療法：アスピリン、クロピドグレルなどの薬剤の使用を含み、主に卵円孔開存症に基づく脳卒中などのリスクが高い疾患の治療に用いられる。
(2）抗凝固療法：ワルファリンなどの薬剤の使用を含み、主に脳卒中を再発した人、下肢静脈血栓症の人、血液が高凝固状態にある人の治療に使用される。
3.手術：卵円孔が閉鎖しておらず、脳出血、持続的な頭痛、直立性低酸素血症などがある場合や、心臓の検査で異常な血液シャントが中等度または多量にあると考えられる場合は、欠損部を閉鎖する手術が必要になることがあります。
閉塞していない卵円孔がある場合は、速やかに医師の診察を受けること。上記の薬剤は、臨床医の監督下で使用する必要がある。