末端回腸潰瘍の治療はより複雑で.主に次のような側面があります：1.病因を明らかにする必要があり.一般的にクローン病.腸結核.または腸白荒症.腸リンパ腫などが原因と考えられています。病理結果は非常に重要で.一足飛びではなく.経過観察.再検査が必要かもしれません。 臨床診断があまり明確でない場合は.観察しながら治療を行う。2.軽い食事が主で.楽しい気分を保ち.無理や過度のストレスを避ける。3.腸内フローラ調整薬を使用し.経過観察をしっかり行い.内視鏡検査を適時見直す。4.診断が明確になった後.それぞれの治療プロトコルに沿って治療を行う。例えばクローン病は5-アミノサリチル酸.ホルモン.免疫抑制剤.抗生物質.および 例えばクローン病の場合は.5-アミノサリチル酸.ホルモン剤.免疫抑制剤.抗生物質.生物学的製剤などを使用し.必要に応じて手術も行います。 腸結核の場合は.腸結核治療の原則に従った治療となります。 腸管リンパ腫の場合.治療には血液専門医の協力が必要な場合があります。 腸管白質脳症は自己免疫疾患であり.リウマチ専門医の指示のもとで治療が必要となる場合があります。
（注：あくまでも目安です。