中枢神経系クリプトコッカス感染症は死亡リスクが高く、治癒する確率は非常に低く、寛解していても再増悪することがある。
中枢神経系のクリプトコッカス感染症はしばしば進行性で、予後が悪く、死亡率が高い。 未治療の患者は数ヵ月以内に死亡することが多く、平均罹病期間は6ヵ月である。 合併症や神経学的後遺症は治療した患者でもよくみられ、数年にわたり寛解と増悪を繰り返す。
中枢神経系のクリプトコッカス感染症は、医師の指導の下、迅速な診察と標準化された薬物療法を必要とし、治療経過は一般的に長期にわたる。